Le GEIPAN est un service de la Direction adjointe des Systèmes Orbitaux du CNES à Toulouse. 

Le GEIPAN s'appuie sur un réseau d' enquêteurs, une vingtaine de bénévoles, répartis sur tout le territoire français participent à l’évaluation des cas d’observation. Si nécessaire, ils sont mandatés par le GEIPAN, dans le cadre de missions précises et sur une durée limitée, pour se rendre sur place et conduire des entretiens complémentaires avec le ou les témoins des cas. Ils se soumettent aux méthodes d'enquête définies par le GEIPAN dans le guide de l'enquêteur. 

Le GEIPAN s'appuie aussi sur des interlocuteurs externes pour mener ses enquêtes : 

• les organismes avec lesquels le GEIPAN a développé des conventions qui lui permettent d'accéder rapidement à des informations tangibles : Gendarmerie Nationale, Armée de l’Air et de l'Espace, Aviation civile, Météo France... ;
• la communauté scientifique : le CNRS (notamment l'IMCEE), le CEA...

Le GEIPAN s'appuie aussi sur un collège d’experts – une vingtaine de bénévoles – multidisciplinaires et scientifiques, qui examinent les cas d’observation les plus complexes qui leur sont soumis. Ils apportent une véritable caution scientifique à l’analyse des cas. 

Le GEIPAN est encadré par un comité de pilotage présidé par une personne reconnue du monde aérospatial et composé de représentants des autorités civiles et militaires françaises (Gendarmerie Nationale, Police nationale, Aviation civile, Météo, Armée de l’Air et de l'Espace, CNRS et Recherche scientifique) et du CNES. Ce comité a pour mission d’analyser les résultats du GEIPAN et de faire des recommandations au CNES sur les orientations du GEIPAN.