La Défense nationale intervient à plusieurs niveaux dans le fonctionnement du GEIPAN :
- Un représentant de l'Armée de l'air et un de la Gendarmerie nationale siègent au Comité de pilotage. Comme tous les membres du Comité, ils sont informés du fonctionnement et des résultats du GEIPAN et peuvent formuler des recommandations au responsable du GEIPAN.
- Le GEIPAN peut demander à l'Armée de l'air des traces radars au-dessus des lieux d' de .
- En 2011, la Gendarmerie nationale a renouvelé sa convention avec le GEIPAN qui prévoit une transmission des procès verbaux signalant des . L'enquête de gendarmerie, d'initiative ou initiée par le GEIPAN suite à un contact qu'il reçoit, permet de crédibiliser le témoignage recueilli et de définir l'environnement dans lequel est survenu l' . Le GEIPAN reçoit la procédure directement et décide des suites à donner. Il informe la Gendarmerie des résultats de ses investigations et de ses conclusions sur les cas.
Ni la Gendarmerie nationale, ni l'Armée de l'air, ni aucune entité de la Défense nationale n'interviennent dans les décisions de classement ou de publication des cas d' . Ces décisions sont prises par le responsable du GEIPAN.